芝麻轮纹病的病原菌以菌丝在种子和病残体上越冬。在第二年，越冬菌丝形成分生孢子，借风雨传播进行初侵染和再侵染。

病菌以分生孢子器随病残体遗留在土壤中越冬，成为第二年初侵染源。气温20～25℃，相对湿度高于90%或长期阴雨易发病。